Tổ Văn phòng Trường THPT Tự Lập được thành lập theo điều lệ trường THCS, THPT và Trường THPT nhiều cấp học. Tuy không tham gia công tác giảng dạy nhưng tổ có vai trò quan trọng trong việc hỗ trợ, tác động tích cực đến việc dạy và học của nhà trường. Tổ có nhiệm vụ tham mưu BGH quản lý, điều hành các hoạt động của trường như: đảm bảo cơ sở vật chất, tài chính, y tế học đường, an ninh an toàn, cảnh quan môi trường.
Năm 2012, tổ Văn phòng có 03 nhân viên: kế toán, văn thư, y tế thuộc biên chế nhà trường. Đến năm 2013, tổ thêm 01 nhân viên bảo vệ thuộc diện hợp đồng 68. Năm 2015 tổ có thêm 03 nhân viên bảo vệ thuộc diện hợp đồng 68. Năm học 2023 - 2024, tổ gồm 08 thành viên thuộc các bộ phận: kế toán, văn thư, y tế, bảo vệ và lao công.