Phát huy những truyền thống của Đoàn TNCS Hồ Chí Minh, Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường THPT Tự Lập (gọi tắt là Đoàn trường THPT Tự Lập), với vai trò tổ chức chính trị – xã hội của Đoàn viên, thanh niên được thành lập và phát triển cùng với quá trình đi lên của trường THPT Tự Lập.
Đoàn trường THPT Tự Lập là tổ chức Đoàn cơ sở trực thuộc sự quản lý của Huyện Đoàn Mê Linh và sự chỉ đạo trực tiếp của Chi bộ trường THPT Tự Lập. Ban chấp hành Đoàn trường phụ trách tổ chức thực hiện mọi hoạt động của Đoàn trong trường học. Từ khi thành lập cho đến nay, Đoàn trường THPT Tự Lập đã trưởng thành cùng sự chỉ dẫn của các thầy cô phụ trách có năng lực, hiểu biết, sáng tạo và trách nhiệm: Thầy Lê Anh Tuấn, Thầy Bùi Đình Trường, Thầy Đoàn Tuấn Phượng, Thầy Trần Văn Toán, Thầy Nguyễn Văn Hoàng, Thầy Nguyễn Văn Quang, Cô Vũ Thị Thu Linh.
